Além das vantagens do cigarro eletrónico deve ponderar as desvantagens que são normalmente associadas a este tipo de cigarro.
Vício
Apesar da dificuldade dos estudos científicos em apontar desvantagens à utilização do cigarro eletrónico comparativamente ao cigarro normal, e apesar do facto da utilização deste tipo de cigarro conseguir até nalguns casos facilitar a prossecução do objetivo de deixar de fumar, a verdade é que a utilização do cigarro eletrónico pode continuar a ser viciante para o fumador.
Alguns estudos demonstraram até que o fumador pode aumentar o seu vício, ao optar por fumar cigarros normais e eletrónicos conjuntamente.
Iniciação
Pelas suas caraterísticas, o cigarro eletrónico pode ser um meio de iniciação ao ato de fumar, passando a pessoa depois do cigarro eletrónico para o cigarro normal.
Saúde
O cigarro eletrónico pode trazer várias vantagens para a saúde do fumador, em comparação com o cigarro normal, mas ele continua a apresentar desvantagens para a saúde do fumador.
Como não existem estudos que comprovem seguramente os efeitos colaterais do cigarro eletrónico, várias organizações de saúde optam por não emitir uma posição relativamente ao cigarro eletrónico.